IMABS

De MIAT INRA
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Pôle toulousain d'Animation des Maths-Info du Centre INRA Midi-Pyrénées 

Projet de Pôle Informatique et Mathématiques pour les Agrobiosciences (IMABS)  
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Groupe de travail : Jean-Noël Aubertot (Agir), Fabien Jourdan (Toxalim), Christèle Robert-Granié et Bertrand Servin (GenPhySE), Christine Cierco-Ayrolles, Simon de Givry et Robert Faivre (MIAT)

Le développement des méthodes et outils mathématiques et informatiques permettant l'exploitation et la valorisation des données numériques de la génomique, de la post-génomique, de l'agronomie et de l'écologie est un chantier majeur pour l'avenir du Centre Inra de Toulouse Midi-Pyrénées. Porté par l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse, le pôle Informatique et Mathématiques pour les Agrobiosciences (IMABS) est un projet d'animation scientifique autour des mathématiques et informatique. Il s'appuie sur une infrastructure (la nouvelle construction) et un collectif de chercheurs et ingénieurs du Centre Inra de Toulouse Midi-Pyrénées travaillant dans les domaines des mathématiques et informatique pour les Agrobiosciences. Le pôle IMABS se veut un espace d'animation de la communauté des mathématiciens et informaticiens du Centre qui travaillent pour les Agrobiosciences. Il vise à susciter et favoriser les échanges, à proposer une meilleure coordination des travaux menés en mathématiques et informatique dans les unités afin de les valoriser et de les rendre plus visibles.

Nota : cette page est en construction

Séminaires (salle de séminaire de l'unité MIAT)

Séminaires du mois de novembre

  • vendredi 3 novembre : pas de séminaire (vacances scolaires)
  • lundi 6 novembre à 10h45 en salle Marc Ridet, Kim-Anh Lê Cao (Université de Melbourne) fera une présentation intitulée : Challenges in microbiome data analysis.
  • vendredi 10 novembre de 10h30 à 12h : Revue des travaux réalisés dans le projet Sal Host Trop par Ludovic Mallet (MIAT)
  • vendredi 17 novembre : Cross-validation issues in genomic selection par Andres Legarra-Albizu (GenPhySE, INRA, Toulouse)
  • vendredi 24 novembre de 10h30 à 12h ; Titre à venir par Rayan Chikhi

Séminaire du GdT Mathématiques pour la biologie

Le Labex CIMI organise un semestre thématique maths/info/bio"Mathématiques et Informatique pour les sciences du vivant". La conférence d'ouverture aura lieu le 18 septembre. Les informations sont
disponibles ici : [1].
Le semestre se déroule du 18 Septembre 2017 au 15 Février 2018.

Workshop bioinformatique / Biostatistique, 17-18 janvier 2018. Ces journées co-organisées cette année, en plus de GenoToul, par le labex CIMI et par le projet Onconet Sudoe sont l'occasion de poursuivre une série de rencontres et d'échanges entre les équipes de (bio)informatique, de (bio)statistique et de biologie, aussi bien dans le cadre de leur activité de recherche méthodologique que, sur le plan opérationnel, de l'exploitation des données par la mise oeuvre ou le développement d'outils bioinformatiques - biostatistiques appropriés. Nous invitons l'ensemble des chercheurs et ingénieurs (organismes publics et entreprises privées) à proposer une présentation sous forme d'un résumé (1 page, de préférence en anglais) pour une contribution orale ou par affiche. Les formulaires d'inscription et de soumission sont désormais ouverts : http://cimi.univ-toulouse.fr/mib/en/workshop-bioinfobiostat

Événements

  • journée du réseau AIGM du 14 décembre, salle de réunion du CNRGV sur le centre INRA de Toulouse. Afin de faciliter l'organisation, merci de signaler votre participation sur le doodle suivant :https://beta.doodle.com/poll/ikk4p3ywxsyfyc6a
  • Dans le cadre d’un projet « Professeurs Invités de l’INP », Kim-Anh Le Cao de l’université de Melbourne en Australie sera à Toulouse du 23 octobre au 10 novembre 2017.  Kim-Anh Le Cao et Sébastien Déjean organisent une formation de 2 jours les 9 et 10 novembre 2017 sur le logiciel MixOmics. Cette formation est destinée en priorité aux étudiants, doctorants et post-doctorants mais est également ouverte aux chercheurs.  Si vous ou vos étudiants en thèses ou post-doct êtes intéressés, il reste quelques places.  Toutes les informations (et inscriptions) sont disponibles à l’adresse suivante : http://mixomics.org/2017/06/9-10-nov-2017-toulouse/
  • Formation « Graphiques avancés avec R » : Une formation aux outils de graphiques avancés (ggplot2, graphiques interactifs) avec R aura lieu le 27 octobre 2017, à l’INRA de Toulouse


  • Journée d'animation de la plateforme RECORD le 6 octobre. Voir le site.
  • Le séminaire XSYS consacré aux « Déplacements collectifs et mobilités » aura lieu le 4 Octobre prochain, de 13h30 à 18H00 en salle D31 de la Maison de la Recherche de l'Université Toulouse Jean Jaurès (5 Allées Antoine Machado). Gratuit mais nécessité de s'inscrire.
  • Dans la lignée de la conférence internationale UseR! et suite à la cinquième édition qui a eu lieu à Toulouse en juin 2016, la sixième édition des  Rencontres R aura lieu les 28,29 et 30 juin 2017 à Anglet  (http://angletr2017.com).
  • Journée des doctorants MIAT Maths-Info le vendredi 28 avril en salle Marc Ridet du Centre INRA d'Auzeville. Voir le Programme.Les diaporamas sont sur la page des Séminaires.
  • 2nd Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, that will be held in the Aussois ski resort (France) between March 19-25, 2017 (https://project.inria.fr/compsysbio2017/).
  • Rencontre du 26 janvier 2017 entre l'équipe MAD de MIAT et l'UMR Dynafor sur les thèmes de l'agroécologie et la simulation à base d'agents : Programme et Présentations.
  • Journée Bioinformatique et Biostatisque Genotoul  le 2 décembre à l'Inra d'Auzeville.
  • Vincent Fourcassié and Guy Theraulazare organizing a workshop entitled “Quantitative approaches for analyzing and modelling individual and collective behaviour” in Toulouse on December 7th, 2016 (IBCG Conference Room).This thematic day is part of the workshop series “Tackling Complexity in Biological Systems: From Data to Computational models” within the Computational and Systems Biology axis that intend to promote quantitative and modeling approaches within the CIB.
  • Colloque CARTABLE, Rencontre commune entre les réseaux méthodologiques AIGM (modèles graphiques), NETBIO (réseaux biologiques) et MOABI (Méthodologies d'Optimisation pour l'AgroBIologie) du département MIA :  12 au 14 Octobre 2016 à Toulouse.
  • CP'2016   The 22 nd International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming du 5 au 9 septembre 2016 à Toulouse
  • Cinquièmes Rencontres R  du 22 au 24 juin 2016 à Toulouse
  • Journées du GdR Mascot-Num du 23 au 25 mars 2016 à Toulouse

Formations


  • Zoom métiers avec une vidéo d'Élise Maigné, Ingénieur en statistique, économétrie et base de données à l’Observatoire du Développement Rural
Génotoul BioInfo
Équipe RECORD
IMABS
Outils personnels