Logiciels SaAB

De MIAT INRA
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Logiciels de l'equipe SaAB.


CarthaGène

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CarthaGène est un outil de cartographie génétique et d'hybrides irradiés. Il est capable de traiter des jeux de données haute densité ou des jeux issus de population multiples. Il est centré sur les pedigrees végétaux et les panels d'hybrides irradiés (issu d'animal le plus souvent). Il exploite une analogie entre cartographie génétique et voyageur de commerce en intégrant des outils d'optimisation spécialisés et des algorithmes d'estimation de paramètres (taux de recombinaison/cassure) accélérés. Utilisé très largement, cité par des centaines de cartes génétiques publiées.

EuGene

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EuGene est un logiciel d'annotation de génomes eucaryotes intégratif. La prédiction finale produite intègre des analyses statistiques (contenu statistique, sites d'épissage...), des données de similarités (protéines, transcrits, EST, RNASeq...) ou de conservation entre génomes, des prédictions existantes, des prédictions de régions répétées ou non fonctionnelles... Il a été utilisé à Toulouse pour annoter et réannoter de nombreux génomes (Arabidopsis thaliana, Medicato truncatula, Tomate, cacao...) et beaucoup plus largement par d'autres laboratoires. Une version procaryote (EuGene-PP) totalement automatisée est également disponible.

EuGène-PP

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EuGene-PP est la déclinaison procaryote et automatisée d'EuGene, dédiée à l'annotation 100% automatique des génomes bactériens, en particulier en utilisant des données de type RNA-Seq orientées (mais il intègre comme EuGène des informations statistiques, de similarités protéiques...). Il permet en particulier de prédire des gènes non-codants, démarrage de transcription.

FrameDP
FrameD

FrameDP est un outil de prédiction de gènes particulièrement ciblé sur l'analyse de transcrits eucaryotes maturés reconstruits à partir d'ESTs ou de lectures de type RNASeq. Il permet en particulier de corriger les décalages de phase et de traiter des séquences d'origines hétérogènes (contamination, symbiotes...). Il hérite directemnt de FrameD.

Minicsp

Minicsp is a CSP solver. It combines clause learning, as it is used in SAT and SMT solvers with the ability to use modeling languages and algorithms from constraint programming. It supports finite domain and set variables and several widely used global constraints. It can be used either as a C++ library or as a black box solver for solving instances in Flatzinc or XCSP formats.

Red

Red est un logiciel de détection de répétitions de gènes en tandem s'effectuant au niveau ADN. ReD est donc capable de détecter des répétitions de gènes devenues non fonctionnelles suite à leur duplication (pseudo-gènes).

toulbar2

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toulbar2 est une plate-forme C++ d'optimisation combinatoire pour résoudre des problèmes d'optimisation énoncés sous forme de réseaux de fonctions de coût, problèmes de satisfaction de contraintes ou clauses pondérées et les modèles graphiques probabilistes (MRF, réseaux bayésiens). Il a été mobilisé pour résoudre des problèmes d'allocation de ressources, de génétique, d'analyse de séquences ou de design de protéines par exemple. Il a également terminé en bonne position (1er ou second) dans différentes compétitions internationales (UAI challenge 2010, PIC challenge 2011, compétition UAI 2014).

MendelSoft

Mendelsoft.png

Mendelsoft is a pedigree genotyping correction frontend to toulbar2. It can read .pre files, identify likely genotyping errors and propose correction from them, asuming the pedigree structure is correct. It can rely either on a parcimonious criteria or a more involved maximum log-likelihood criteria.

DARN!

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DARN! is a software tool for ncRNA localization. The problem of finding new occurrences of characterized ncRNAs can be modeled as the problem of finding all locally-optimal solutions of a weighted constraint network using dedicated weighted global constraints, encapsulating pattern-matching algorithms and data structures.

RNAspace

RNAspace.png

RNAspace est un environnement pour créer des sites web dédiés à la prédiction, l'annotation et l'analyse d'ARN non codant protéine (ARNnc). Les sites web permettent d'exécuter diffréents outils de manière intégrée et flexible. RNAspace permet d'intégrer de manière complémentaire différents prédicteurs d'ARNnc. Il propose également des outils pour comparer, visualiser, éditer et exporter les ARNnc candidats. Un site web public http://rnaspace.org a été créé pour permettre l'annotation de génomes bactériens et de petits chromosomes eucaryotes.

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