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Réseau méthodologique MIA "Inférence de réseaux (biologiques)" NETBIO

PNETBIO.png

thème prioritaire  : Construction de modèles complexes, inférence de structure
animateurs  : Julien Chiquet, Étienne Delannoy, Marie-Laure Martin-Magniette, Françoise Monéger, Guillem Rigaill et Nathalie Villa-Vialaneix

Contexte et enjeux du réseau

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. C'est pourquoi la vocation de NETBIO est de créer un espace pour échanger sur les méthodes statistiques et bioinformatiques pour la construction et l'analyse de graphes et de discuter de l'adéquation de la modélisation par rapport aux problématiques biologiques.

Le poster de présentation du réseau (AG département MIA, septembre 2016) :

Poster NETBIO.png

École-Chercheurs De l'expression des gènes aux réseaux - mai à décembre 2017

Après le succès de l'école d'été SPS « From gene expression to genomic network » organisée à Port Royal, Saint-Lambert, en juillet 2016, le LabEx a souhaité proposé une école-chercheur sur les mêmes thématiques. Les informations sont disponibles à ce lien.

Réunion Paris-Agro novembre 2017

Logo-gdr-bim.pngLes prochaines journées NETBIO auront lieu les 10 et 11 novembre prochains à AgroParisTech (salle 30). Cette journée est soutenue par le [GDR BIM].

Programme

Jeudi 9 novembre

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

  • 14h-14h30 : Simon de Givry (MIA-T, Toulouse) Sélection de facteurs de transcription du tournesol reliés à la sécheresse
  • 14h30-15h00 : Marie Perrot-Dockes (MIA-Paris) Méthode de sélection de variables dans le modèle linéaire multivarié avec prise en compte de la dépendance : application à des données de métabolomique diaporama
  • 15h00-15h30 : Alyssa Imbert (MIA-T, Toulouse) Imputation d'individus manquants pour l'inférence de réseau RNAseq diaporama
  • 15h30-16h00 : Pause
  • 16h00-17h00 : Christophe Ambroise (UEVE, MIA-Paris) Graphical model inference with unobserved variables via latent tree aggregation diaporama
  • 17h00-17h30 : Actualités NETBIO et discussion

Vendredi 10 novembre

  • 9h30-10h30 : Sarah Ouadah (MIA-Paris) Goodness-of-fit tests for heterogeneous random graph models diaporama
  • 10h30-11h00 : Jérôme Mariette (MIA-T, Toulouse) Intégration des données TARA océans avec une approche multi-noyaux diaporama
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h30 : Sophie Lèbre (Université de Montpellier) Modélisation de l'expression des gènes à partir de données de séquence ADN diaporama

12h30-14h00 : REPAS offert par NETBIO

  • 14h00-15h00 : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, Jouy-en-Josas) Inference de réseaux écologiques à partir de données de comptage diaporama
  • 15h00-15h30 : Timothé Tabouy (MIA-Paris) Impact de l'échantillonnage dans l'inférence de structures dans les réseaux diaporama
  • 15h30-16h00 : Lise Pomiès Stratégie d'inférence de réseau pour comprendre la réponse du peuplier à la flexion diaporama
  • 16h00 : Conclusion des journées

Formation au LIPM à Toulouse « Analyse de données 'omiques - de l'expression des gènes à l'inférence de réseaux » - Avril 2017

Cette formation a été sollicitée par les scientifiques du LIPM pour mieux comprendre l'analyse des données omiques. La formation était centrée sur les analyses statistiques pour présenter ce qu’il est possible de faire avec des données RNA-seq une fois le traitement bioinformatique réalisé. Plus d'informations à ce lien.

Groupe de travail 20-24 février 2017

L'objectif de la semaine a été, pour les animateurs de NETBIO, de travailler sur des formations et des supports de formation sur la thématique des réseaux (qu'est-ce qu'un graphe, un réseau biologique ? quelles peuvent être leurs utilités en biologie ? comment sont-ils construits ?).

Réunion Toulouse octobre 2016

Les prochaines journées NETBIO ont eu lieu du 12 au 14 octobre 2016 à Toulouse. Ce seront des journées jointes entre NETBIO, AIGM et MOABI nommées CARTABLE.

École d'été From gene expression to genomic network - Juillet 2016

Une école d'été SPS « From gene expression to genomic network » et été organisée à Port Royal, Saint-Lambert, du 17 au 22 juillet 2016. Le matériel de cours est disponible à ce lien.

Réunion Paris-Agro septembre 2015 - Introduction

Les prochaines journées NETBIO auront lieu les 29 et 30 septembre à AgroParisTech, salle 31 dans l'aile arbalète.

Programme

Mardi 29 septembre

  • 9h45-10h00 : Accueil
  • 10h00-11h00 : Etienne Delannoy Signification biologique des termes différentiellement exprimés, co-exprimés, co-régulés et régulés - diaporama
  • 11h00-11h45 : Andréa Rau Analyse de la co-expression par modèles de mélange - diaporama
  • 11h45-12h30 : Sylvain Foissac Exploration de la structure 3D du génome par analyse Hi-C - diaporama

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

  • 14h-14h45 : Vincent Brault Segmentation bidimensionnelle rapide pour l'étude des données Hi-C - diaporama et vidéos
  • 14h45-15h15 : Jean-Benoist Leger Modèle de graphes à espace latent continu de type SBM - diaporama
  • 15h15-15h45 : Sophie Donnet Stochastic Block model pour les réseaux multiplex. Application à un réseau de chercheurs - diaporama
  • 15h45-16h15 : Pause
  • 16h15-17h00 : Actualités de NETBIO et discussions

Mercredi 30 septembre

  • 9h30-10h00 : Thomas Picchetti A model for gene deregulation detection using expression data - diaporama
  • 10h00-10h30 : Marc Legeay Construction et analyse de réseaux contextuels de co-expression pour des données transcriptomiques sens et anti-sens - diaporama
  • 10h30-11h00 : Guillem Rigaill et Françoise Monéger Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : présentation des objectifs et du jeu de données - diaporama
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h30 : Julien Chiquet et Loic Schwaller Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : premiers résultats - diaporama

12h30-14h30 : REPAS offert par NETBIO

  • 14h30-15h30 : Kim-Anh Lê Cao Omics data integration: towards a system biology approach - diaporama
  • 15h30-16h00 : Valentin Wucher Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois diaporama
  • 16h00-16h30 : Aymeric Antoine-Lorquin Orthocis : pattern matching de site de fixation de facteur de transcription à l'aide de l'orthologie diaporama
  • 16h30 : Conclusion des journées

Visite Patrick Meyer 24/26 novembre 2014

Réunion Paris-Agro septembre 2014

Les prochaines journées NETBIO auront lieu les 18 et 19 septembre à AgroParisTech. Compte-rendu

Programme

Jeudi 18 septembre

  • 10h00-10h30 : Accueil
  • 10h30-11h30 : Richard Berthome Rôle des petits ARNs dans la régulation de l'expression des gènes - Présentation
  • 11h30-12h00 : Amine Ghozlane Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV / présentation de Tulip - Présentation
  • 12h00-12h20 : Oriol Guitart Pla The Cytoscape Network Inference (Cyni) toolbox for gene regulatory network inference - Présentation

12h20-14h00 : Repas offert par NETBIO

  • 14h00-15h : Pierre Barbillon Network impact on persistence in a finite population dynamic exchange model - Présentation
  • 15h00-15h30 : Rim Zaag From gene expression modelling to coregulation networks for Arabidopsis - Présentation
  • 15h30-16h00 : Yann Vasseur Régressions pénalisées et modèles à blocs latents pour une caractérisation relationnelle des facteurs de transcription d'Arabidopsis - Présentation
  • 16h00-16h30 : Pause
  • 16h30-17h30 : Actualités de NETBIO et discussions - Support des discussions

Vendredi 19 septembre

  • 8h45-9h00 : Accueil
  • 9h00-10h00 : Pierre Latouche Random graph models for the clustering of nodes in networks and visualisation - Présentation
  • 10h00-11h00 : Fabrice Rossi Triclustering pour la détection de structures temporelles dans les graphes - Présentation
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h00 : Trung Ha Régressions multivariées en grande dimension - Présentation
  • 12h00-12h30 : Mélina Galopin Model-based clustering of genes expression data with external annotations - Présentation

12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO

Réunion Paris-Agro septembre 2013

Le programme (pdf) de ces prochaines journées (11 et 12 septembre 2013) est en ligne.

Les présentations de ces journées aussi:

Et nous finissons par le compte-rendu de ces 2 jours. Merci encore à tous les participants !

Réunion Paris-Pasteur novembre 2012

Le compte-rendu de la réunion est en ligne !

Programme : (présentations disponibles par lien ci-dessous)

  • lundi 19 novembre

- 9h45 - 10h15 : accueil
- 10h15 - 11h15 : Anne-Claire Haury (MinesParisTech), TIGRESS: Trustful Inference of Gene REgulation using Stability Selection.
- 11h15 - 11h30 : pause
- 11h30 - 12h30 : Anne Siegel (IRISA, Rennes), Quelques approches formelles pour tester la robustesse de processus de reconstructions de réseaux
- 12h30 - 14h : repas (plateaux)
- 14h - 15h : Simon de Givry (BIA, INRA Toulouse), Nouveaux opérateurs de voisinage local pour la reconstruction de réseaux Bayésiens
- 15h - 15h30 : Arnaud Fouchet (IBISC, univ. Evry), Inférence de réseaux de régulation par un modèle parcimonieux à base de noyaux locaux
- 15h30 - 16h00 : pause
- 16h00 - 16h30 : Mélina Gallopin (INRA GABI, INRIA SELECT), Inférence de réseau de gènes à partir de données de séquençage haut-débit RNAseq
- 16h30 - 17h00 : Pierre Gutierrez (Statistique et génome, Evry), Coupling differential analysis to Network inference
- 17h00 : fin de la journée

  • mardi 20 novembre

- 9h30-10h30 : Pierre Nicolas (INRA MIG), Réseaux de régulation chez Bacillus
- 10h30 - 10h45 : pause
- 10h45 - 11h45 : Françoise Moneger (ENS Lyon), A data-driven integrative model of sepal polarity in Arabidopsis
- 11h45 - 12h45 : Benno Schwikowski, Frederik Gwinner et Oriol Guitar (Institut Pasteur), A network inference infrastructure component in Cytoscape, (slides1, slides2 and slides 3)
- 12h45 - 14h30 : repas libre
- 14h30 - 15h45 : discussion et conclusion.

Réunion Paris-Agro février 2012

Le compte-rendu de la réunion est en ligne !

Programme : (présentations disponibles par lien ci-dessous)

  • jeudi 9 février

- 10h - 10h30 : accueil
- 10h30 - 11h00 : Marine Jeanmougin, Utilisation de connaissances biologiques dans l'inférence de réseaux
- 10h30 - 11h30 : Claire Nédellec, Extraction de régulations à partir de fouille de textes
- 11h30 - 11h45 : pause
- 12h00 - 14h : repas (plateaux)
- 14h - 15h : Sophie Lèbre, Réseaux bayésiens dynamiques à structure variable dans le temps
- 15h - 15h30 : Andrea Rau, Inferring gene regulatory networks with hidden variables using state space models
- 15h30 - 16h00 : pause
- 16h00 - 17h00 : Jimmy Vandel, Vers une inférence du réseau de régulation génique d'Arabidopsis thaliana dans le cadre des réseaux bayésiens discrets
- 17h00 : fin de la journée

  • vendredi 10 février

- 9h30-10h30 : Daniel Kahn, Introduction à l'analyse modulaire de réponse (développements plus récents autour de l'article 'Untangling the wires: A strategy to trace functional interactions in signaling and gene networks', 2002, PNAS 99(20):12841-12846)
- 10h30 - 11h00 : pause
- 11h00 - 12h00 : Jean-Jacques Daudin, Revue de méthodes pour la caractérisation d'un réseau
- 12h00 - 12h30 : Antoine Channarond, Classification et inférence dans le Stochastic Block Model
- 12h30 - 14h30 : repas libre
- 14h30 - 16h : discussion et conclusion.

Réunion Evry septembre 2011

Exposés de biologistes de l’URGV et discussions avec des membres du côté méthodologique du réseau pour mieux cibler les développements théoriques attendus et répondre à des questions pertinentes aux yeux des biologistes.

Transparents des exposés :


Réunion Toulouse janvier 2011

Une réunion sur deux demi-journées a eu lieu début 2011. Une cinquantaine de personnes (MIA, LIPM, LGC, SAGA, et aussi IMT) ont assistés à deux exposés invités :

Les exposés qui ont suivis étaient restreints aux membres du réseau. Les personnes présentes étaient Alain Trubuil, David Allouche, Christine Cierco, Marie-José Cros, Simon de Givry, Brigitte Mangin, Thomas Schiex, Jimmy Vandel, Matthieu Vignes, Nathalie Peyrad, Regis Sabaddin, Camille Charbonnier, Julien Chiquet, Catherine Matias, Sophie Schbath, Stéphane Robin, Michel Koskas, Marie-Laure Martin Magniette, Nicolas Verzelen, Christophe Giraud, Daniel Kahn et Mark Schmidt.

Nicolas Verzelen (INRA Montpellier) a présenté une étude sur la taille minimum d’échantillon pour analyser des données de micro-array. Les résultats dépendent bien sûr du type d'analyse ; le message est qu'en très haute dimension (nb_entrees_non_nulles*log(nb_variables) >= taille_echnatillon), on ne peut pas faire grand chose tandis qu'en dimension plus raisonnable (transition observées lors de ce passage à des problèmes "moins difficiles"), le prix à payer pour la fonction de perte sera en gros logarithmique, ce qu'arrive à faire des approches de type lasso (transparents).

Matthieu Vignes (INRA Toulouse) a présenté les résultats de l’équipe SaAB -1er au ss-challenge "Systems Genetics" d'inférence de réseaux de régulation de gènes à l'aide de données d'expression et marqueurs simulées; 16 équipes participantes- au challenge international annuel DREAM5 (transparents).

Julien Chiquet (université d'Evry) a présenté des extensions au modèle gaussien (group/cooperative-lasso) et différentes stratégies de pénalisation pour reconstruire un réseau à partir de données (hétérogènes) issues de plusieurs conditions expérimentales (transparents).

Enfin Marie-Laure Martin Magniette (URGV) a présenté les ressources disponibles à l’URGV -BD, projets, savoir-faire bioinformatique, idées d'intégration de données, de connaissance experte pour du semi-supervisé- pour l'inférence de réseau chez l’arabette (transparents).

Merci à tous d'avoir partagé vos sources d'info.

Projets en cours

  • "Inférence de réseaux et eQTL chez Arabidopsis thaliana" (URGV, AgroParisTech & BIA).Le 1er CR.
  • ...

Un document écrit par Marie-Laure sur des problématiques biologiques potentielles autour de l'inférence de réseaux chez A. thaliana à l'URGV.

Conférences intéressantes

Contacts:

Julien Chiquet Simon de Givry & Marie-Laure Martin-Magniette & Matthieu Vignes.

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